درمانگاه تخصصی و فوق تخصصی بیمارستان ابوعلی سینا (پیوند اعضاء) که در تاریخ 08/07/96 به طور رسمی کار خود را آغاز نمود، با حضور اساتید و پزشکان برجسته بینالمللی یکی از قطبهای مهم پزشکی در ایران و منطقه در بخش آموزشی، پژوهشی و درمانی است. بخشهای موجود در این کلینیک شامل:
کلینیک پیوند اعضاء:شامل پزشکان فوق تخصص پیوند اعضاء (کبد،کلیه، پانکراس، روده و اعضای داخل شکمی)؛
کلینیک قلب و عروق:شامل پزشکان متخصص قلب و عروق، فوق تخصص اکوکاردیوگرافی، آنژیوپلاستی و جراح فوق تخصص قلب و پیوند قلب و ارائهدهنده خدماتی چون تست ورزش، نوار قلب، هولتر مانیتورینگ فشارخون؛
کلینیک جراحی سرطان:متشکل از پزشکان فوق تخصص جراحی سرطان سینه ، روده ، معده ، ریه ، پانکراس، کبد و تیروئید و …..؛
کلینیک زنان و زایمان:متشکل از تیم پزشکی متخصص و جراح زنان و زایمان؛
کلینیک تغذیه: شامل پزشکان متخصص و کارشناسان تغذیه؛
کلینیک غدد:شامل پزشکان فوق تخصص غدد و رشد و متابولیسم و ارائهدهنده خدمات رایگان به بیماران دیابتی ازجمله انسولین؛
کلینیک ارتوپدی:شامل پزشکان جراح متخصص و فوق تخصص ارتوپدی و ارائه خدماتی چون تزریق مفصلی و گچ گیری نواحی شکستگی؛
کلینیک مغز و اعصاب:شامل پزشکان جراح متخصص و فوق تخصص جراحی مغز و اعصاب، دیسک و ستون فقرات ، پزشکان متخصص مغز و اعصاب ، پزشکان اعصاب و روان و کارشناسان روانشناسی بالینی و ارائه خدماتی چون نوار مغز و نوار عصب؛
کلینیک چشمپزشکی:پزشکان متخصص و فوق تخصص جراحی چشم و ارائه خدماتی چون بیناییسنجی؛
کلینیک آسم و آلرژی:شامل پزشکان فوق تخصص و ایمونولوژیست در زمینه آسم ، آلرژی ، حساسیتهای فصلی؛
کلینیک ریه:شامل پزشکان فوق تخصص ریه و جراحان توراکس (قفسه سینه) و خدمات قابلارائه شامل تست تنفسی،گازهای خونی؛
کلینیک بیماران کلیه:شامل پزشکان متخصص جراحی کلیه و مجاری ادراری ، ناباروری مردان ، سنگ کلیه و پروستات و پزشکان فوق تخصص نفرولوژی ، فشارخون و پیوند کلیه؛
کلینیک توانبخشی:شامل پزشکان متخصص طب فیزیکی ، فیزیوتراپی ، نوار عصب، طب سوزنی؛
کلینیک گوارش و کبد:شامل پزشکان فوق تخصص گوارش کبد اطفال و بزرگسال و ارائه خدماتی چون آندوسکوپی ، کولونوسکوپی؛
کلینیک اطفال: شامل پزشکان متخصص اطفال و کودکان