درمانگاه تخصصی و فوق تخصصی بیمارستان ابوعلی سینا (پیوند اعضاء) که در تاریخ 08/07/96 به طور رسمی کار خود را آغاز نمود، با حضور  اساتید و پزشکان  برجسته بینالمللی یکی از قطبهای مهم پزشکی در ایران و منطقه در بخش آموزشی، پژوهشی و درمانی است. بخشهای موجود در این کلینیک شامل:

کلینیک پیوند اعضاء:شامل پزشکان فوق تخصص پیوند اعضاء (کبد،کلیه، پانکراس، روده و اعضای داخل شکمی)؛

کلینیک قلب و عروق:شامل پزشکان متخصص قلب و عروق، فوق تخصص اکوکاردیوگرافی، آنژیوپلاستی و جراح فوق تخصص قلب و پیوند قلب و ارائهدهنده خدماتی چون تست ورزش، نوار قلب، هولتر مانیتورینگ فشارخون؛

کلینیک جراحی سرطان:متشکل از پزشکان فوق تخصص جراحی سرطان سینه ، روده ، معده ، ریه ، پانکراس، کبد و تیروئید و …..؛

کلینیک زنان و زایمان:متشکل از تیم پزشکی متخصص و جراح زنان و زایمان؛

کلینیک تغذیه: شامل پزشکان متخصص و کارشناسان تغذیه؛

کلینیک غدد:شامل پزشکان فوق تخصص غدد و رشد و متابولیسم و ارائهدهنده خدمات رایگان به بیماران دیابتی ازجمله انسولین؛

کلینیک ارتوپدی:شامل پزشکان جراح متخصص و فوق تخصص ارتوپدی و ارائه خدماتی چون تزریق مفصلی و گچ گیری نواحی شکستگی؛

کلینیک مغز و اعصاب:شامل پزشکان جراح متخصص و فوق تخصص جراحی مغز و اعصاب، دیسک و ستون فقرات ، پزشکان متخصص مغز و اعصاب ، پزشکان اعصاب و روان و کارشناسان روانشناسی بالینی و ارائه خدماتی چون نوار مغز و نوار عصب؛

کلینیک چشمپزشکی:پزشکان متخصص و فوق تخصص جراحی چشم و ارائه خدماتی چون بیناییسنجی؛ 

کلینیک آسم و آلرژی:شامل پزشکان فوق تخصص و ایمونولوژیست در زمینه آسم ، آلرژی ، حساسیتهای فصلی؛

کلینیک ریه:شامل پزشکان فوق تخصص ریه و جراحان توراکس (قفسه سینه) و خدمات قابلارائه شامل تست تنفسی،گازهای خونی؛

کلینیک بیماران کلیه:شامل پزشکان متخصص جراحی کلیه و مجاری ادراری ، ناباروری مردان ، سنگ کلیه و پروستات و پزشکان فوق تخصص نفرولوژی ، فشارخون و پیوند کلیه؛

کلینیک توانبخشی:شامل پزشکان متخصص طب فیزیکی ، فیزیوتراپی ، نوار عصب، طب سوزنی؛

کلینیک گوارش و کبد:شامل پزشکان فوق تخصص گوارش کبد اطفال و بزرگسال و ارائه خدماتی چون آندوسکوپی ، کولونوسکوپی؛

کلینیک اطفال: شامل پزشکان متخصص اطفال و کودکان